Prison Break Synopsis: John Abruzzi viene portato fuori dalla prigione dopo essere stato ferito alla gola da T-Bag. Con Lincoln in isolamento, gli altri cinque componenti del piano di fuga discutono sul da farsi. Michael vuole posporre l'evasione fino a quando non troverà il modo di far uscire suo fratello dall'isolamento, prima della sua esecuzione, fissata tra 32 ore. Ma gli altri quattro vogliono andare avanti con il piano ed evadere il più presto possibile. In qualche modo, quindi, Lincoln deve essere fuori dalla cella di isolamento quella notte stessa. Dopo avere pregato con il parroco della prigione nella sua cella, Michael gli consegna una corona con un crocifisso e gli chiede di darla a Lincoln. Questi si accorge che il crocifisso è stato manomesso e scopre dietro la croce una piccola pillola nera e un bigliettino che dice «Mangia alle 8:10». Lincoln ingoia la pillola all'ora stabilita, cioè 50 minuti prima della fuga, e improvvisamente viene colto da forti dolori addominali. Le guardie, quindi, sono costrette a portarlo in infermeria, dove la Dott.ssa Tancredi lo visita e lo informa che è stato vittima di un avvelenamento da cibo. Intanto, i cinque detenuti fanno in modo di restare nella stanza delle guardie oltre il solito orario. Per farlo, Michael rompe un tubo dell'acqua e fa credere a Bellick che se la stanza non verrà asciugata il più presto possibile l'umidità potrebbe rovinare il lavoro fatto fino ad allora. Nel Frattempo Veronica, dopo essere comparsa in televisione scatenando la rabbia della vicepresidente Reynolds, si presenta all'incontro con il suo informatore, ma mentre sta ricevendo una lettera con un riassunto di tutta la vicenda da Hale, i due vengono raggiunti da Kellerman che scopre il tradimento del compagno e lo uccide; Veronica era riuscita a nascondersi subito dopo aver appreso che Streadman non è stato assassinato da Lincoln, ma che era invece ancora vivo. All'ora stabilita, i cinque si calano nel buco del pavimento e percorrono le tubazioni sotterranee arrivando nel magazzino proprio sotto l'infermeria; Qui Michael scopre però che il tubo che lui aveva corroso grazie all'acido fosforico versato nelle tubature, è stato sostituito con un altro molto più spesso e resistente. I cinque, anche con l'aiuto di Lincoln dall'infermeria, cercano in tutti modi di manomettere il tubo, inutilmente. Michael cade per la prima volta nella disperazione, rivelando al resto del gruppo l'ormai impossibilità di completare il piano di evasione; T-Bag, non contento degli ultimi sviluppi minaccia i compagni con un coltello.