Prison Break Synopsis: Lincoln, T-Bag, Gretchen e Don Self iniziano le ricerche di Scylla. Michael e Sara sono stati separati; La donna viene portata in un albergo di lusso mentre l'uomo si risveglia in una villa in montagna circondata da boschi. Michael viene raggiunto da un uomo che si presenta come un dottore, precisamente uno psichiatra, della Compagnia che gli rivela come la madre sia ancora viva e lavori per la Compagnia. Lincoln si reca in un bar dove è stato avvistato l'intermediario dell compratore di Scylla e, dopo una piccola rissa, prende in custodia una donna che sembra sapere qualcosa sull'uomo; La donna riesce però a far cadere in trappola Lincoln, fuggendo così con l'intermediario, nonché il suo ragazzo, ma Lincoln, previdente, le aveva rubato il portafoglio, dando così inizio ad una ricerca della Compagnia. Sara viene rapita da Lisa che le rivela dove sia tenuto prigioniero Michael e quali siano le intenzioni della Compagnia; Il Generale ha infatti chiesto allo psichiatra di convincere Michael ad unirsi a lui, ma questi non crede alle parole del dottore, soprattutto visti i continui rifiuti di poter vedere o parlare con la madre. Nel gruppo che si è formato per cercare Scylla nessuno si fida di nessuno e ognuno è pronto a pugnalare alle spalle gli altri: T-Bag riferisce al Generale che Sara si sta per recare da Michael, chiedendone il trasferimento immediato; Gretchen scopre la vera identità dell'intermediario, Scott, e lo incontra promettendogli un depistaggio delle indagini sotto compenso: Don Self, appoggiato da T-Bag, obbliga Lincoln a consegnargli il comando del gruppo; Lincoln trova, finalmente, un volto amico in Alex, tornato ad aiutarlo dopo la fuga dagli agenti dell'FBI proprio mentre Don Self reclamava la leadership. Michael riesce a fuggire dalla villa, prima di venire sedato per il trasporto, e viene recuperato da Sara. Gretchen conduce il gruppo in una trappola di Scott, il quale rivela di aver già consegnato Scylla al compratore; La donna, dopo aver eliminato le guardie di Scott, rimane ferita nello scontro a fuoco con quest'ultimo, che ha però la peggio, e viene risparmiata da Lincoln sotto richiesta di T-Bag. Michael rivela a Sara di credere che sua madre sia ancora viva. Lincoln riesce a mettersi in contatto, tramite il cellulare di Scott, con il compratore ma tra i due è solo Lincoln a parlare, minacciandolo di morte. Il compratore, una volta chiusa la telefonata, si rivela come la madre di Lincoln.